其中论上市公司的强制要约制度2003年11月获江西省社会科学联合会颁发的江西省第六次社会科学优秀成果奖三等奖；预防职务犯罪对策研究2005年获江西省监察学会优秀论文二等奖；国家损害赔偿制度研究获2007年江西省第十二次社会科学优秀论文三等奖；建筑工程合同纠纷法律问题研究获2009年江西省第十三次社会科学优秀成果奖；地权建设与村庄权务秩序的重构——赣西北S镇农村阶层分化与整合的田野经验考察获2013年江西省第十五次优秀社会科学成果二等奖，并由法律出版社出版。
重大事故及矛盾濒临激化的事故，马建辉注重民事赔偿责任的落实，尽量不用或少用强制措施，并坚持亲自出马主持调解，力求当事各方都能满意的和谐结局。